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16S/18S/ITS微生物扩增子测序
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  • 16S/18S/ITS微生物扩增子测序

    产品简介

    微生物群落多样性分析是指利用二代高通量测序技术,对微生物的16S rDNA、18S rDNA以及ITS高变区域,或者功能基因进行测序,分析环境中细菌、古细菌以及真菌的种类组成和含量,揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系,进一步探讨微生物多样性;对于研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等有着重要的理论和现实意义。



    产品分类

    16S rDNA测序:16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,存在于所有细菌染色体基因中,共包括9个可变区和10个保守区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。采用HiSeq或最新的MiSeq测序仪,对16S rDNA某个高变区进行测序,进一步分析环境微生物中细菌或古细菌的多样性。

    18S rDNA测序:18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和高变区,保守区反映生物物种间的亲缘关系,高变区反映物种间的差异。

    ITS测序:ITS分为两个区域:ITS1/ITS2,其中ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。ITS序列由于自然选择压力小,因此在进化过程中能够承受更多的变异,通过对ITS1或者ITS2进行测序,可分析环境微生物中真菌的多样性。


    技术流程

    技术参数

    测序平台:HiSeq2500;MiSeq

    测序策略:PE250

    测序周期:25-40工作日

    测序数据:不低于合同规定数据量


    标准数据分析

    ● 原始测序数据预处理   

    ● 稀释曲线(Rarefaction Cur ve)   

    ● OTU划分&OTU注释&物种分类注释   

    ● 物种系统发育树

    ● 多样性指数分析  

    ● 物种组成统计热图   

    ● 群落结构:OTU分类   

    ● 物种丰富程度&均匀程度(Rank Abundance曲线)

    ● 主成分分析(Principal component analysis, PCA)

    深度数据分析

     多样品OTU分布网状图(Network)   

    ● 单因素方差分析   

    ● 多样品O TU分布比较(Venn图)

    ● 多样品(微生物群落)分层聚类UPGMA    

    ● 样本聚类UP GMA可靠性Support分析

    ● 主坐标分析PCoA(2D/3D)图   

    ● 基于Unifrac 距离的箱型图(Box-Plot)分析

    ● 含分类单元主坐标分析PCoA图(3D Bi-Plot)  

    ● 差异对比NMD S分析

    ● 冗余分析RDA(线性模型)/典型对应分析CCA(单峰模型)   

    ● 含多样品分类饼图

    ● LEfSe分析(组间比较分析)   

    ● Adonis组间比较分析(基于Unifrac距离矩阵)


    引物信息



    样本要求

    粪便:采集新鲜粪便样品于无菌容器中,每份样品5g左右即可,液氮速冻3-5min,-80°C长期保存,干冰运输。

    土壤:采集土壤样本5g左右至无菌容器中,液氮速冻3-5min,然后转移至-80°C 或液氮中长期保存,干冰运输。

    污泥:采集污泥样本于无菌容器中,每份样品5g左右即可,液氮速冻3-5min, -80°C长期保存,干冰运输。

    水体:1、对于水质较为清澈的水样,用0.22μm 的微孔滤膜真空过滤水样(1 L左右),富集于无菌管中,液氮速冻3-5min,干冰运输。2、对于水质较为混浊的水样,三点水样混合摇匀后取60-80mL,液氮速冻3-5 min,-80℃保存,干冰运输。

    皮肤:采用无菌棉签轻轻刮取皮肤表面,取样后将棉签置于无菌的离心管,液氮速冻3-5min,-80℃长期保存,干冰运输。


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